Tọa độ: Từ 9°12′30″ tới 9°17′41″ vĩ bắc và 104°54′11″ tới 104°59′16″ kinh đông.

Vườn quốc gia U Minh Hạ có tổng diện tích 8.527,8ha nằm trên địa bàn các xã Khánh Lâm, Khánh An, Khánh Thuận thuộc huyện U Minh và các xã Trần Hợi, Khánh Bình Tây Bắc thuộc huyện Trần Văn Thời.

- Bắc giáp tuyến 27 - Phân trại K3 thuộc trại giam K1 Cái Tàu;

- Nam giáp vùng đệm kinh xáng Minh Hà;

- Đông giáp kinh 100, ấp 14 xã Khánh An và hậu T19 ấp Vồ Dơi;

- Tây giáp kinh 90, phân trường Trần Văn Thời và đê bao phía tây Vồ Dơi.

Vườn quốc gia U Minh Hạ có ba khu vực chính gồm:

• Khu bảo tồn hệ sinh thái rừng trên đất than bùn.
• Khu phục hồi và sử dụng bền vững hệ sinh thái rừng ngập nước.
• Khu dịch vụ hành chính.

Ngoài ra, Vườn quốc gia U Minh Hạ còn có hơn 25.000 ha vùng đệm thuộc các lâm-ngư trường U Minh 1, 3, lâm-ngư trường Trần Văn Thời, trại giam K1 Cái Tàu và trung tâm nghiên cứu ứng dụng rừng ngập Minh Hải.